有些情况下，菊石的外壳会在深水处被发现；有时它们自然地直接跌到正下方的海底。这种条件下形成的化石就和那些浅海滩中的化石不一样。在浅水地区发现的贝壳往往是完好无损的；而死亡后或濒死落入海底的菊石身上，外壳却往往出现被穿刺的痕迹。 穿刺痕迹大致像是个硬币大小的圆形。裂缝通常从这些穿孔处开始向外延伸。一些外壳的穿刺痕迹是不规则的，而另一些外壳的痕迹是按照一定顺序排列的。关于不规则痕迹的排列有两种猜想。第一种猜想认为是帽贝（ Limpets）造成的。 帽贝是一种具有帽形外壳的软体动物。它们在岩石或者其他坚硬的物体表面上进食。进食后，它们通常会回到同一个栖息地点，最终会在岩石表面形成一个浅的圆形陷。有一种理论认为菊石的外壳对于帽贝来讲是理想的坚硬表面，所以远古帽贝就以此为栖息地。这种情况下，圆孔呈放射状的裂纹就是因为帽贝深埋表面时产生的高压造成的。然而，另一种猜想更具戏剧性，并肯定地解释了穿刺痕迹规律形成的原因。 沧龙（ Mosasaurs）是一种大型的海洋爬行类动物，它们和菊石一起生活。鳄鱼般的牙齿排列表明它们是远古海洋开放水域中的强大捕食者。从它们牙齿的排列中还可以推断出另一件事情一一它们可能以菊